Szata roślinna i jej uwarunkowania – badania na poziomach: populacyjnym, biocenotycznym i krajobrazowym.
Ochrona i kształtowanie bioróżnorodności szaty roślinnej oraz zrównoważone zarządzanie zasobami roślinnymi, w tym opracowania koncepcyjne związane z: utrzymaniem lub poprawą właściwego stanu populacji i siedlisk przyrodniczych Natura 2000, kompensacją przyrodniczą, monitoringiem środowiska przyrodniczego i rewaloryzacją zabytkowych założeń zieleni.
Ekologia krajobrazu, szczególnie struktura i funkcjonowanie geoekosystemów dolin rzecznych oraz obszarów rolniczych, a także wybrane aspekty z ekologii miasta.
Diagnozy na potrzeby planowania przestrzennego oraz ocen oddziaływania na środowisko, w tym m.in. planów ochrony, studiów uwarunkowań i kierunków zagospodarowania, opracowań ekofizjograficznych, prognoz do planów przestrzennego zagospodarowania i raportów o oddziaływaniu przedsięwzięć na środowisko.